تا کنون بیش از ۲۵ عنوان کتاب که عمدتاً در عرصهٔ تاریخ معاصر ایران می‌باشند، از دکتر باقر عاقلی چاپ و منتشر شده‌است. عناوین برخی از مهمترین کتب وی عبارت است از:

از رؤیای پادشاهی تا زندان رضاشاهی
تبلیغات بازرگانی
تیمورتاش در صحنه سیاست ایران
حقوق اداری 
خاطرات حاج عزالممالک اردلان
خاطرات مسعود انصاری 
خاندان‌های حکومتگر ایران
داور و عدلیه 
ذکاءالملک فروغی
رضاشاه و قشون متحدالشکل
مشاهیر و رجال
نخست وزیران ایران
شرح حال رجال سیاسی و نظامی ایران در سه جلد
میرزا احمد خان قوام السلطنه 
فروغی و شهریور ۱۳۲۰ 
زندگینامه تیمورتاش
زندگینامه نصرت الدوله فیروز
زندگی و خاطرات محمد ساعد مراغه‌ای 
زندگی و خاطرات دکتر احمد متین دفتری

روز شمار تاریخ معاصر ایران، از مشروطه تا انقلاب اسلامی، از مطرح‌ترین فعالیت‌های تحقیقی عاقلی به شمار می‌رود.

از تخصص های عاقلی، رجال‌ شناسی،عكس‌ شناسی و سندشناسی بود. او همچنین پس از تأسیس كتابخانه وزارت خارجه، به آموزش نسخه‌ شناسی كتاب‌های قدیمی در كتابخانه یادشده پرداخت. وی، سال‏ ها مشاور بخش تاریخ شفاهی مؤسسه مطالعات تاریخ معاصر بود و در شناسائی، گردآوری و مصاحبه‌ های شفاهی كمك شایانی كرد.

وی از جمله معدود مورخین و صاحبنظرانی است که در طرح تاریخ شفاهی سازمان اسناد و کتابخانه ملی مورد مصاحبه قرار گرفته‌ است.